# NeuronView

**Repository Path**: bigduduwxf/NeuronView

## Basic Information

- **Project Name**: NeuronView
- **Description**: neuron visualization and analyse for ION include server and some tools 
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2020-06-11
- **Last Updated**: 2026-04-16

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README



# NeuronView

NeuronView 是一个用于神经元可视化和分析的专业工具平台，主要面向神经科学研究者。该项目集成了神经元数据加载、渲染显示、形态分析等功能，支持多种神经元数据的处理和展示。

## 项目简介

NeuronView 是由中国科学院生物物理研究所开发的神经元可视化与分析系统。该系统提供了完整的神经元数据处理流程，包括：

- **神经元可视化**：支持 SWC、FNT 等格式的神经元数据结构渲染
- **三维渲染**：基于 OpenSceneGraph (OSG) 的高性能三维图形渲染
- **数据分析**：提供轴突中心分析、区域投影、分割对称性计算等多种分析功能
- **服务器支持**：内置 gRPC 服务器，支持远程数据访问

## 技术栈

- **编程语言**：C++ / Python
- **图形库**：OpenSceneGraph (OSG)、OpenGL
- **UI 框架**：Qt5
- **图像处理**：CImg
- **网络通信**：gRPC
- **构建系统**：CMake

## 项目结构

```
NeuronView/
├── source/
│   ├── app/                    # 应用程序模块
│   │   ├── NeuronView/        # 主程序
│   │   ├── AnalyseApp/        # 分析应用
│   │   ├── SWCViewer/        # SWC文件查看器
│   │   ├── ISOModule/        # ISO模块计算
│   │   ├── Superfacets/      # 超面分割工具
│   │   └── ...
│   ├── analyse/              # 分析算法库
│   │   ├── AxonCenter/       # 轴突中心分析
│   │   ├── NeuronAnalyse/    # 神经元分析
│   │   ├── PartitionAsymmetry/ # 分割对称性
│   │   ├── ProjectRegion/    # 区域投影
│   │   └── ...
│   ├── base/                 # 基础库
│   │   ├── graph.cc          # 图结构处理
│   │   ├── image.cc          # 图像处理
│   │   ├── stream.cc         # 流式IO/压缩支持
│   │   └── ...
│   ├── uicontrol/            # UI控件
│   │   ├── RenderWidget/     # 渲染窗口
│   │   ├── NeuronWidget/     # 神经元控件
│   │   └── ...
│   ├── server/               # 服务器端
│   ├── demo/                 # 演示程序
│   ├── framework/            # 框架组件
│   └── pycontrol/            # Python控制脚本
├── data/                     # 数据目录
│   ├── config/               # 配置文件
│   ├── drosophilaallobj/    # 果蝇脑模型数据
│   ├── shader/               # GLSL着色器
│   └── python/               # Python脚本
└── CMakeLists.txt           # 构建配置
```

## 主要功能模块

### 1. 神经元渲染
- 支持复杂神经元的实时渲染
- 多种渲染模式（线框、体积、复杂着色器）
- 深度剥离等高级渲染技术

### 2. 神经元分析
- **AxonCenter**：轴突中心分析
- **NeuronAnalyse**：综合神经元分析
- **PartitionAsymmetry**：分割对称性计算
- **ProjectRegion**：区域投影分析
- **SomaRegion**：胞体区域分析
- **TerminalRegion**：终末区域分析
- **VertexOrder**：顶点排序

### 3. 数据格式支持
- SWC 格式（标准神经元格式）
- FNT 格式（自定义格式，支持压缩）
- NRRD 格式（医学影像格式）
- TIFF 格式（高分辨率图像）

### 4. 工具程序
- `SWCViewer`：SWC 文件三维查看器
- `SWCInfo`：SWC 信息提取
- `SWC2DXF`：SWC 转 DXF 格式
- `ISOModule`：ISO 模块计算
- `BoundLaplace`：边界拉普拉斯计算

## 安装说明

### 环境要求

- CMake 3.10+
- Qt 5.x
- OpenSceneGraph 3.4+
- C++ 编译器（GCC 7+ / MSVC 2017+）

### 编译步骤

```bash
# 创建构建目录
mkdir build && cd build

# 配置项目
cmake ..

# 编译
make -j$(nproc)

# 安装
make install
```

### Windows 构建

项目支持 Visual Studio 构建，使用 CMake 生成解决方案后进行编译。

## 使用说明

### 基本操作

1. **加载神经元数据**：通过文件菜单加载 SWC 或 FNT 格式的神经元数据
2. **视图控制**：使用鼠标进行旋转、缩放、平移等操作
3. **属性编辑**：调整神经元的显示颜色、线宽、渲染模式等参数

### 数据权限

本项目涉及神经科学数据，如需获取完整的数据支持，请联系：

- 邮箱：xfwang@ion.ac.cn
- 官方网站：http://bap.cebsit.ac.cn/NeuronView/

## 数据文件说明

### 脑区注释数据
- `data/annot.txt`：脑区注释文件
- `data/annot_with_desc.txt`：带描述的注释文件
- `data/drosophila.json`：果蝇脑区数据

### 脑区模型
`data/drosophilaallobj/` 目录包含果蝇脑的 3D 模型文件（.obj 格式），涵盖：
- 嗅觉叶 (AL)
- 蘑菇体 (MB)
- 中央复合体 (EB, FB, PB)
- 其他主要脑区

### 着色器
`data/shader/` 目录包含用于神经元渲染的各种 GLSL 着色器：
- 神经元体渲染着色器
- 树突渲染着色器
- 复杂神经元着色器

## 许可证

本项目的具体许可证信息请参阅项目根目录下的 LICENSE 文件。

## 联系方式

- 项目主页：https://gitee.com/bigduduwxf/NeuronView
- 技术支持：xfwang@ion.ac.cn